ロングリード次世代シーケンサーを用いた湖沼のシアノバクテリアモニタリングの高度化（令和 2年度）
Development of cyanobacterial monitoring in the lake using longread next-generation sequencer

研究概要

本研究は、湖沼の重要な一次生産者であり、有毒種を含むシアノバクテリアの組成、動態について、霞ヶ浦をモデル湖沼としてUSB型ロングリード次世代シーケンサーMinIONを用いたメタバーコーディング解析で明らかにするものである。また、顕微鏡観察からもれているかつ優占種である分類群を対象とし、新規培養株を確立し、その遺伝子配列を解読することで、メタバーコーディング解析のリファレンス配列整備にも取り組む。

研究の性格

• 主たるもの：モニタリング・研究基盤整備
• 従たるもの：基礎科学研究

全体計画

霞ヶ浦をモデル湖沼として、シアノバクテリアの16S rRNA遺伝子全長配列に基づくメタバーコーディング解析を行い、これまでにショートリードを用いて明らかになった結果と比較することで、その配列精度を確かめる。また、霞ヶ浦において、その優占が確かめられているシアノバクテリアの新規培養株を確立してその分類学的同定を行い、メタバーコーディング解析の際の高品質リファレンス配列に資する16S rRNA遺伝子の配列セットを作成し、高精度のメタバーコーディング解析を行う。

今年度の研究概要

昨年度に引き続き、ライブラリ作成方法を検討して、16S rRNA遺伝子全長配列に基づくメタバーコーディング解析を行う。同様に、新規培養株の確立、リファレンス配列の整備をおこなう。